II. CONSIDERACIONES
1. Competencia
16. De conformidad con el artículo 241.11 de la Constitución, la Corte Constitucional es competente para resolver los conflictos de competencia entre jurisdicciones.
2. Presupuestos para la configuración de un conflicto de jurisdicciones
17. Esta corporación ha advertido que para que se configure un conflicto de jurisdicciones, es necesario que se cumplan los presupuestos subjetivo[50], objetivo[51] y normativo[52], definidos de manera reiterada por este Tribunal[53].
3. Alcance del presupuesto subjetivo frente a la facultad de la Fiscalía General de la Nación para ser parte de conflictos de jurisdicciones ante la justicia penal militar[54]
18. En relación con el presupuesto subjetivo, la Corte Constitucional se ha pronunciado específicamente sobre la facultad de la Fiscalía General de la Nación para promover o participar de conflictos interjurisdiccionales en el marco de la Ley 906 de 2004. En concreto, en la Sentencia SU-190 de 2021 se precisó que aun cuando desde una perspectiva orgánica la Fiscalía pertenece a la rama judicial, desde el punto de vista funcional cumple funciones tanto jurisdiccionales como no jurisdiccionales. Frente a la primera hipótesis, se ha advertido que resulta claro que el ente investigador tiene la facultad de provocar y ser parte de conflictos de competencias entre jurisdicciones.
19. En torno al segundo escenario, es decir, cuando la Fiscalía General de la Nación no cumple funciones jurisdiccionales, la Corte ha admitido en algunos casos que el ente acusador está legitimado para participar directamente de conflictos entre jurisdicciones frente a la Justicia Penal Militar. Sin embargo, esta Corporación ha destacado que esa facultad, en el marco de la Ley 906 de 2004 no procede de manera general, sino solo en casos excepcionales[55]. En concreto, según el Auto 704 de 2021, la Fiscalía solo puede participar de manera directa en los conflictos entre jurisdicciones en que el asunto objeto de investigación verse sobre posibles graves violaciones a los derechos humanos. De no ser el caso, no se entendería configurado el conflicto de jurisdicciones por el incumplimiento del presupuesto subjetivo[56].
20. En el Auto 1163 de 2021, la Sala Plena precisó que no existe una definición unívoca del concepto de graves violaciones de derechos humanos. Sin embargo, en aras de dotar de contenido dicho estándar, enunció algunas de las actuaciones constitutivas de estas violaciones[57].
21. Por otro lado, la Corte indicó que es posible considerar la ocurrencia de una grave violación de derechos humanos cuando se satisfacen aunque no de manera exclusiva o necesariamente concurrente las siguientes características: (i) la naturaleza del derecho afectado; (ii) la magnitud y sistematicidad de la lesividad ocasionada por la violación; (iii) el grado de vulnerabilidad de la víctima; y (iv) el impacto social del menoscabo. Además, resulta importante verificar si (v) los derechos humanos conculcados se encuentren internacionalmente protegidos.
4. Caso concreto[58]
22. La Sala Plena concluye que en esta oportunidad no se satisface el presupuesto subjetivo y, por lo tanto, no se suscita un conflicto negativo de competencias entre jurisdicciones. Esto, al advertir que el asunto estudiado no se adecúa a las hipótesis excepcionales en las cuales la Fiscalía General de la Nación, en contexto de los procesos adelantados en regencia de la Ley 906 de 2004, puede ser parte en conflictos de esta naturaleza.
23. En principio, la investigación se adelanta por el presunto delito de Homicidio que protege el bien jurídico de la vida y la integridad personal. Sin embargo, de la indicada calificación no puede colegirse la posible comisión de una grave violación a los derechos humanos. De un lado, porque desde el punto de vista formal la conducta investigada no ha sido enunciada entre aquellas constitutivas de este tipo de menoscabos, por ejemplo, las ejecuciones extrajudiciales, masacres o tortura[59].
24. De otro lado, porque desde una perspectiva material, las circunstancias particulares del caso preliminarmente no permiten observar las características que usualmente se atribuyen a estas afectaciones. Específicamente, no se evidencian elementos como la magnitud, generalidad, sistematicidad de la lesividad ocasionada con la violación, el impacto social del menoscabo, entre otros[60].
25. Las anteriores consideraciones no desdicen la relevancia social del presunto delito investigado; sin embargo, la Sala Plena ha considerado que no todo atentado contra la vida constituye por sí mismo una grave afectación a los derechos humanos, aun cuando haya sido cometida por agentes del estado[61]. Estas apreciaciones en manera alguna constituyen un prejuzgamiento, ni determinan cómo ocurrieron los hechos ni sus presuntos responsables.
26. Es preciso aclarar que en este escenario no corresponde a la Corte adelantar un estudio detallado de los elementos materiales probatorios y evidencia recaudada en el expediente. En efecto, el análisis que compete inicialmente a la Sala se supedita a establecer el cumplimiento de los factores necesarios (entre ellos el subjetivo) para entender configurado un conflicto de competencia entre jurisdicciones; estudio que es previo al que determina la jurisdicción con competencia para adelantar el proceso. En esta última etapa, y sin constituir un prejuzgamiento, la Sala Plena podría estudiar en alguna medida los elementos materiales probatorios, para establecer si, por ejemplo, por lo menos hay dudas sobre el cumplimiento del factor funcional que activa el fuero penal militar y si por esa vía, debe atribuirse competencia para conocer el proceso, a la justicia ordinaria penal.
27. En el Auto 314 de 2025, al resolver un caso similar, la Sala Plena recordó que la Corte ya se ha declarado inhibida para resolver aparentes conflictos de jurisdicciones suscitados entre la Fiscalía General de la Nación y la Justicia Penal Militar. Lo anterior incluso tratándose de investigaciones por el delito de Homicidio cometido por agentes de la fuerza pública en el marco de procedimientos policiales en los que existe duda sobre la forma en que acaecieron los hechos. En ese contexto la Corte ha concluido la inexistencia de un conflicto por la falta de facultad de la Fiscalía General de la Nación para suscitarlo, ya que la conducta, en principio, no parece constituir una grave violación a los derechos humanos[62].
28. En este caso, la Fiscalía 004 Seccional de Vida del Municipio 1 que desarrolló la etapa de indagación, sostuvo que los hechos acaecieron en contexto de una diligencia de registro y allanamiento que adelantaron los agentes de policía en cumplimiento de funciones oficiales legítimas. Durante dicha diligencia, los uniformados presuntamente se vieron obligados a utilizar sus armas de fuego contra dos ciudadanos armados -incluso con una granada- identificados como cabecillas de una banda criminal, con el fin de proteger su propia vida e integridad personal.
29. Por su parte, el Juez 456 Penal Militar, acogió las interpretaciones del procurador 111 Penal II del Municipio 1 y consideró que existían dudas sobre la forma como se presentaron los hechos, puntualmente sobre la manera en que los agentes del orden ingresaron al inmueble en la diligencia de registro y allanamiento, los hallazgos de la diligencia, y lo relatado por un ciudadano que fue entrevistado, entre otros. Estos elementos, a su juicio, generan incertidumbre sobre si se presentaron graves violaciones a los derechos humanos.
30. No obstante, la Sala considera que el análisis del juez castrense es insuficiente para acreditar el cumplimiento del presupuesto bajo examen, porque parte de interpretaciones que no permiten advertir a primera vista la posible comisión de un delito que afecta gravemente los derechos humanos. Es preciso resaltar que la Policía cuenta con facultades para hacer uso de la fuerza cuando se cumplen determinados elementos relacionados con las circunstancias del caso, la naturaleza del servicio, y los principios de razonabilidad y proporcionalidad[63]. Precisamente el cumplimiento de estos elementos deberá ser analizado por el juez natural.
31. A la anunciada conclusión arriba la Corte sin adentrarse a un análisis que correspondería eventualmente a la decisión sobre la jurisdicción a la que le corresponde adelantar el proceso. En efecto, el estudio que propone el juez militar excede la competencia de la Corte en esta fase preliminar en la que, se insiste, se determina si existe o no un conflicto de jurisdicciones. Esto porque de conformidad con esa calificación de la conducta y los hechos descritos por las autoridades, no se puede concluir, en esta etapa, la existencia de una posible violación grave de los derechos humanos; por ende, tampoco se puede concluir que la Fiscalía General de la Nación esté habilitada para generar un conflicto negativo de jurisdicciones.
32. Por esta razón, y de conformidad con lo que ha considerado la Corte en anteriores oportunidades, se recuerda a la Fiscalía que puede acudir ante un juzgado penal con función de control de garantías y solicitar, a través de una audiencia innominada, que dicha autoridad reclame o niegue la competencia de la jurisdicción ordinaria en el asunto. Así las cosas, la Sala se declarará inhibida para resolver este conflicto de jurisdicciones y devolverá el expediente para lo de su competencia y para que se comunique esta decisión.