I. ANTECEDENTES
1. Hechos. El 21 de agosto de 2019, el Centro Médico Imbanaco de Cali S.A. (en adelante Imbanaco), por conducto de apoderado judicial, presentó demanda ante la Superintendencia Nacional de Salud en contra del Departamento del Valle del Cauca Secretaría de Salud, con el objeto de resolver un conflicto relacionado con la imposición y ratificación de glosas de facturas por servicios de salud. En el escrito de demanda, la parte actora solicitó que la Superintendencia dirimiera la controversia y ordenara el reconocimiento y pago de tres facturas por un valor total de $924.379.026, correspondientes a servicios de salud prestados entre octubre de 2015 y marzo de 2016. Imbanaco afirmó que las facturas se originaron por la prestación de servicios médicos en salud NO POS a afiliados de EMSSANAR ESS, bajo el modelo establecido en la Resolución 1479 de 2015, donde la EPS debe gestionar el cobro y la entidad territorial (Gobernación del Valle) efectuar el pago directo al prestador[1].
2. De acuerdo con los hechos expuestos en la demanda, Imbanaco radicó su facturación con los soportes requeridos, pero la Secretaría de Salud impuso glosas, principalmente por inconsistencias en las actas del Comité Técnico Científico (CTC), cuya elaboración es responsabilidad de la EPS según la Resolución 5395 de 2015. Pese a solicitudes de auditoría conjunta y correcciones a las EPS, estas alegaron limitaciones técnicas para subsanar errores en las actas (como fechas extemporáneas o nombres comerciales de medicamentos). Posteriormente, la parte demandante afirmó que, aunque se demostró la prestación de los servicios y se concilió técnicamente, la Secretaría mantuvo las glosas y negó el pago de las facturas. En consecuencia, Imbanaco afirmó que esta acción le causó perjuicios al incumplirse la contraprestación por servicios ya aprobados por el CTC y debidamente justificados[2].
3. La Superintendencia Nacional de Salud declaró su falta de competencia. A través de Auto A2022-003551 del 15 de diciembre de 2020, esta autoridad en ejercicio de sus funciones jurisdiccionales rechazó la demanda por falta de jurisdicción y remitió el expediente a los juzgados administrativos de la ciudad de Cali para su reparto. La Superintendencia refirió que, si bien el artículo 41 de la Ley 1122 de 2007, modificado por la Ley 1949 de 2019, otorgaba a esa Superintendencia facultades para conocer conflictos derivados de glosas o devoluciones de facturas entre entidades del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS), esta competencia estaba condicionada a que la controversia guardara relación directa con la garantía efectiva del derecho a la salud de los usuarios. En ese sentido, esta entidad consideró que la demanda presentada por Imbanaco, se limitaba a reclamar el pago de servicios ya prestados, lo que la situaba fuera del ámbito material previsto en la norma[3].
4. Seguidamente, la Superintendencia refirió que la Corte Constitucional, mediante Auto 389 de 2021, estableció que los conflictos económicos entre entidades del SGSSS, como los recobros por servicios no POS (hoy PBS) o glosas a facturas, debían ser resueltos por la jurisdicción de lo contencioso administrativo cuando: (i) no involucraran a afiliados, beneficiarios o empleadores; (ii) cuestionaran actos administrativos; y (iii) se centraran en aspectos financieros y no en la prestación inmediata de servicios. Según lo advertido por la entidad, estos criterios, aplicables al caso, excluían la competencia de la Superintendencia y de los jueces laborales para conocer del asunto. Adicionalmente, destacó que la Sala Laboral del Tribunal Superior de Bogotá, en su calidad de órgano competente para dirimir conflictos de competencia, había ordenado en múltiples providencias[4] que tales controversias fueran remitidas a la jurisdicción de lo contencioso administrativo[5].
5. El Tribunal Administrativo del Valle del Cauca declaró su falta de competencia[6]. En Auto Interlocutorio del 3 de julio de 2024, el Tribunal Administrativo de Cundinamarca declaró su falta de jurisdicción para conocer del caso, propuso conflicto negativo de competencia y remitió el asunto a la Corte Constitucional para dirimir el conflicto suscitado. El Tribunal refirió que, en casos análogos al sub examine, la Corte Constitucional en los Autos 2032 de 2023 y 675 de 2024 resolvió los conflictos de competencia atribuyéndole el asunto a la Superintendencia Nacional de Salud. Lo anterior, por tratarse de controversias relativas a facturas por servicios de salud no incluidos en el PBS, prestados a afiliados y beneficiarios de EPS, y objetados por las secretarías de salud. Así, manifestó que en este caso el Centro Médico Imbanaco de Cali S.A. demandaba el pago de valores adeudados por el Departamento del Valle del Cauca, derivados de glosas a facturas entre entidades del Sistema General de Seguridad Social en Salud[7].
6. Aunque inicialmente el despacho asumió el conocimiento y ordenó adecuar la demanda al medio de control de nulidad y restablecimiento del derecho, esta autoridad judicial refirió que la jurisprudencia reciente de la Corte Constitucional y la Sentencia de Unificación del Consejo de Estado del 26 de marzo de 2020 permitían reconsiderar dicha postura, al establecer que la jurisdicción ordinaria, en su especialidad laboral y de seguridad social, era la competente en litigios sobre pago de facturas por servicios de salud NO POS (hoy PBS). El juez administrativo refirió que la anterior regla tenía aplicación general, salvo en supuestos exceptuados, y que, en este caso, lo pretendido se enmarcaba en un conflicto cuya competencia correspondía a la Superintendencia de Salud[8].
7. El 14 de julio de 2025, el expediente fue remitido a la Corte Constitucional[9]. En sesión virtual del 22 de julio de 2025, fue repartido al despacho y la remisión para la sustanciación se realizó el 23 de julio siguiente[10].