I. ANTECEDENTES
1. A partir de la 1:00 a.m. del 21 de abril de 2023 varios agentes del Ejército Nacional se reunieron para adelantar allanamientos y registros de inmuebles en el corregimiento de Cuturú, municipio de Caucasia, Antioquia. En el marco de esas labores, los agentes de la fuerza pública ingresaron a un inmueble en el que se encontraban varias personas y capturaron al señor Maicol Jheison Hoyos, mientras este dormía. Igualmente, en la vía pública fueron capturados los señores Yonatan David Velásquez Genes y Jesús David Hurtado Andrade. Lo anterior, a pesar de que los agentes de la fuerza pública no tendrían órdenes de allanamiento o de captura, ni se habrían presentado hechos en flagrancia[1].
2. Los capturados fueron trasladados a la base de patrulla móvil del Ejército Nacional en el corregimiento de Cuturú. En ese lugar, los agentes del Ejército Nacional habrían sometido a los capturados a tratos crueles inhumanos y degradantes: les habrían dado golpes y generado quemaduras, les habrían vendado los ojos, los habrían sumergido en agua, entre otros. Esos tratos habrían tenido como finalidad que los capturados informaran sobre la ubicación de armas e identificaran a personas vinculadas a organizaciones criminales[2].
3. Como resultado de las agresiones, y según el examen de necropsia, ese mismo día falleció el señor Jesús David Hurtado Andrade. Por su parte, los agentes del Ejército Nacional dejaron al señor Yonatan David Velásquez Genes a disposición de la Fiscalía General de la Nación, para que fuera investigado por el porte de un fusil que los agentes le habrían entregado. El señor Maicol Jheison Hoyos fue puesto en libertad, al parecer, por su grave estado de salud, lo que impedía tramitar la legalización de su captura. Este último presentó denuncia ante la Fiscalía General de la Nación[3].
4. La justicia penal militar adelantó labores de investigación. Sin embargo, mediante providencia del 29 de mayo de 2023 el Juzgado 97 de Instrucción Penal Militar rechazó su competencia y remitió el asunto a la jurisdicción ordinaria. Lo anterior, pues existían dudas frente a la conexidad de los hechos con el servicio de la fuerza pública y, en atención a que los elementos materiales probatorios sugerían la comisión de actos crueles e inhumanos, lo cual supera la competencia de la justicia penal militar.
5. Entre el 7 y el 30 de enero de 2025 se realizaron las audiencias de formulación de imputación ante jueces penales con funciones de control de garantías. En concreto, se imputaron cargos a los agentes del Ejército Nacional, Diego Alejandro Castillo Castillo, Juan Camilo Navarro Galindo, Juan Esteban Regino Corrales, José Rafael Morales Donado, Alfredo Julio Basilio, Jahyr Stephen García Echavez y Oscar Iván Joven Zúñiga. A los imputados se les impuso medida de aseguramiento privativa de la libertad[4].
6. El 25 de abril de 2025, el Fiscal 107 Especializado de la Dirección Especializada contra violaciones a los Derechos Humanos presentó escrito de acusación contra los referidos agentes de la fuerza pública[5]. Según la Fiscalía General de la Nación, los acusados habrían cometido los delitos de homicidio en persona protegida, tortura en persona protegida, privación ilegal de la libertad y violación de habitación ajena por parte de un servidor público. El asunto le correspondió por reparto al Juzgado 005 Penal del Circuito Especializado de Antioquia[6].
7. El 5 de mayo de 2025, el Juzgado 005 Penal del Circuito Especializado de Antioquia avocó conocimiento del asunto e indicó que la audiencia de formulación de acusación se realizaría el 26 de junio de 2025[7]. El día señalado inició la audiencia, pero esta fue aplazada para el 30 de julio de 2025, con el objetivo de permitir un acercamiento para suscribir un eventual preacuerdo entre la defensa de algunos de los acusados y la Fiscalía General de la Nación[8].
8. El 30 de julio de 2025 se reanudó la audiencia de acusación. En esta, los defensores de algunos acusados cuestionaron la competencia del juez penal ordinario, pues los hechos ocurrieron en el marco de una operación militar, por lo que el conocimiento del asunto le corresponde a la justicia penal militar[9]. El representante del Ministerio Púbico se opuso a esa argumentación e indicó que la gravedad de los hechos y los delitos acusados descartan cualquier relación con el servicio y, por tanto, la competencia de esa justicia especial[10].
9. A su vez, la Fiscalía General de la Nación señaló que los cuestionamientos de la defensa eran temerarios y tienen por objetivo dilatar la actuación penal. Ello, pues es de conocimiento de la defensa y de los acusados que el Juzgado 97 de Instrucción Penal Militar dispuso remitir el asunto a la justicia ordinaria. El fiscal encargado del caso reseñó algunas consideraciones de la decisión adoptada por la autoridad penal militar, de las cuales resalta que: (i) según la jurisprudencia de la Corte Constitucional, en caso de que exista duda en torno a la autoridad competente, deberá preferirse a la jurisdicción ordinaria penal; (ii) la competencia de la justicia penal militar es restringida, excepcional y no opera ante hechos que constituyen graves violaciones a los derechos humanos, como la tortura; (iii) no hay certeza de que en este caso los hechos investigados estuvieran ligados a la prestación de un servicio por parte de la fuerza pública, sino que, por el contrario, los elementos materiales probatorios sugieren la ocurrencia de tratos crueles, inhumanos y degradantes; (iv) no basta con alegar la sola calidad de militar o que las conductas se hubiesen cometido en instalaciones o con elementos propios del servicio para que se active la competencia de la justicia penal militar, pues es necesario evaluar el contexto fáctico. El fiscal concluye que en este caso no se cumplen los requisitos para que la justicia penal militar asuma la competencia del caso y que no hay lugar a tramitar un conflicto de jurisdicciones, ya que la justicia penal militar rechazó su competencia y los defensores no pueden plantear el conflicto, por no ser autoridades jurisdiccionales[11].
10. En la misma audiencia, el Juzgado 005 Penal del Circuito Especializado de Antioquia reafirmó su competencia para conocer el asunto. La autoridad judicial hizo referencia a la Sentencia SU-190 de 2021, en la que esta Corporación fijó los criterios para definir la competencia de la justicia penal militar. Al respecto, el juez indicó que no se cumplían con todos los requisitos para atribuir competencia a esa jurisdicción especial, pues existían dudas frente a la relación directa y estrecha con el servicio y respecto a las circunstancias de tiempo, modo y lugar en la que ocurrieron los hechos. Más aún, el despacho judicial insistió en que la investigación y juzgamiento de graves violaciones a los derechos humanos como, entre otros, la tortura, le corresponde a la justicia penal ordinaria. Finalmente, el juez indicó que la competencia funcional la atribuye, en este caso, la tipificación que realiza la Fiscalía General de la Nación, sin perjuicio de que los componentes de los delitos acusados sean objeto de debate en el proceso[12].
11. El defensor de uno de los acusados interpuso recurso de apelación contra la anterior decisión[13]. Por lo tanto, el despacho judicial ordenó remitir el expediente al superior jerárquico para que resolviera la impugnación de la competencia, en los términos del artículo 341 de la Ley 906 de 2004. El juez aclaró que no debía remitirse el asunto a la Corte Constitucional, pues no se trataba de un conflicto de jurisdicciones, dado que no había otra autoridad jurisdiccional que estuviera reclamando la competencia.
12. Mediante providencia del 1º de agosto de 2025, la Sala Penal del Tribunal Superior del Distrito Judicial de Antioquia se abstuvo de conocer el recurso y ordenó al juzgado penal de primera instancia que diera trámite al conflicto de jurisdicciones. El tribunal consideró que los cuestionamientos en torno a la competencia configuraban un conflicto de jurisdicciones que debía ser resuelto por la Corte Constitucional, según lo indica el artículo 241, numeral 11 de la Constitución Política[14]. En cumplimiento de lo anterior, el 4 de agosto de 2025 el Juzgado 005 Penal del Circuito Especializado de Antioquia profirió auto en el que remitió el asunto a esta Corporación[15].
13. El asunto fue repartido al despacho de la magistrada ponente el 2 de septiembre de 2025 y el expediente fue allegado a su despacho el 3 de septiembre del mismo año[16].