I. ANTECEDENTES
1. La Sentencia T-106 de 2025
1. La Sala Tercera de Revisión amparó los derechos de las autoridades territoriales indígenas de la Gente de Afinidad del Yuruparí, que agrupan a aproximadamente treinta pueblos indígenas de La Amazonía colombiana. Las accionantes acudieron a la Corte Constitucional para proteger sus derechos fundamentales[1] de las amenazas derivadas de la contaminación con mercurio producida por la minería aurífera en su espacio vital el macroterritorio de los Jaguares del Yuruparí.
2. La Sentencia T-106 de 2025 declaró que la identidad y pervivencia de la Gente de Afinidad del Yuruparí estaba en riesgo. Determinó que el envenenamiento del territorio, las amenazas a sus líderes, la falta de coordinación interinstitucional y los obstáculos para la conformación de sus Entidades Territoriales Indígenas (ETI) habían puesto en peligro la salud individual y colectiva, la seguridad y la soberanía alimentaria de las comunidades representadas por las autoridades indígenas accionantes. También declaró la necesidad urgente de proteger su conocimiento ancestral, de respetar las competencias de sus autoridades, de reconocer al macroterritorio de la Gente de Afinidad de Yuruparí como un espacio de coordinación para la gestión territorial y ambiental conjunta propia de las autoridades accionantes, y de ordenar su protección inmediata e integral.
3. La Sala Tercera ordenó la adopción de una estrategia de remediación y conservación ambiental en el macroterritorio, de preservación de su conocimientos y sistemas alimentarios tradicionales, de protección frente a las amenazas contra la seguridad de sus líderes y autoridades, y de atención en salud adecuada e intercultural. También dispuso la suspensión inmediata de los trámites de licenciamiento ambiental para minería de oro, que se extenderá hasta la efectiva implementación de las estrategias de remediación de las fuentes hídricas. La Sala le ordenó al Ministerio del Interior que implementara de forma inmediata el Decreto Ley 632 de 2018 para avanzar en la conformación de Entidades Territoriales Indígenas en las áreas no municipalizadas.
4. Para asegurar el cumplimiento de la Sentencia T-106 de 2025, la Corte ordenó la creación de tres instancias de diálogo intercultural para los ejes de (i) identidad y territorio, (ii) ambiente y minería y (iii) salud y seguridad alimentaria. Designó al Tribunal Superior del Distrito Judicial de Bogotá como responsable del seguimiento[2], con audiencias semestrales que se realizarán alternadamente en Bogotá y en el macroterritorio, sin perjuicio de que la Sala Tercera asuma la verificación del cumplimiento si lo considera necesario.
2. La solicitud de modulación
5. El 26 de agosto de 2025, el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible presentó una solicitud de modulación de las órdenes séptima, octava y vigesimoctava de la Sentencia T-106 de 2025 ante la Sala Penal del Tribunal Superior de Bogotá. En síntesis, presentó los siguientes argumentos:
6. Con base en las anteriores consideraciones, el Ministerio de Ambiente le solicitó a la Sala Penal del Tribunal Superior de Bogotá que evaluara la imposibilidad fáctica, técnica y jurídica de cumplir las órdenes séptima, octava y vigesimoctava[3] de la Sentencia T-106 de 2025; que lo desvinculara del cumplimiento de las órdenes séptima y octava por su falta de competencia; que vinculara para el cumplimiento de ambas órdenes a Corpoamazonía, a la CDA, a Parques Nacionales Naturales de Colombia, a la ANLA, al Ideam, al Sinchi, al Instituto Humboldt, a las gobernaciones departamentales competentes y al Ministerio de Defensa; y que ampliara la periodicidad de informes asociados al cumplimiento de la orden vigesimoctava a períodos semestrales.
7. En subsidio, el Ministerio le solicitó al Tribunal que definiera su rol en el cumplimiento de las referidas órdenes, para que se encargue del seguimiento a las entidades cuya vinculación solicita, y que considera que son las competentes para realizar los estudios y el plan de descontaminación o remediación de las fuentes de agua. Propone una redacción alternativa de los resolutivos[4]. También pide la ampliación de los términos para el cumplimiento de las órdenes séptima y octava.
3. La remisión de la solicitud a la Corte Constitucional
8. La Sala Penal del Tribunal Superior de Bogotá remitió la solicitud de modulación mediante el Auto del 27 de agosto de 2025. Afirma que la Sentencia T-106 de 2025 no le dirige ninguna orden a dicha corporación. Considera que la intervención de la Corte es imperiosa para la protección efectiva de los derechos fundamentales vulnerados o amenazados, que se trata de órdenes complejas, y que dichas órdenes requieren un constante seguimiento de quien las expidió.